苗栗縣檢察業務原由臺灣新竹地方法院檢察署管轄，於苗栗市設立台灣新竹地方法院檢察署苗栗辦公室，辦理苗栗縣地區檢察業務。
　　為配合政府貫徹「一縣一法院暨檢察署」之政策，並解決苗栗縣人民往返新竹訴訟跋涉之苦，本署奉准於86年1月9日在苗栗市中正路1149號成立，新建大樓為地上五層、地下二層，與臺灣苗栗地方法院合署辦公，並於同年4月29日正式受理案件。
　　107年5月25日法務部組織法修正第五條、法院組織法增訂第一百十四條之二有關各級檢察機關名銜「去法院化」之相關規定，原名「臺灣苗栗地方法院檢察署」更名為「臺灣苗栗地方檢察署」。